生命科學(xué)與工程學(xué)院舉辦2023年大講堂系列第八場學(xué)術(shù)報告會
2023年11月16日上午，中山大學(xué)陳小舒教授,、楊建榮教授受邀在佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院仙溪校區(qū)C7-128報告廳為生命科學(xué)與工程學(xué)院師生分別作題目為“Most Pleiotropic effects of gene knockouts are evolutionarily transient in yeasts”,、“對抗菌素耐藥基因點突變表型效應(yīng)的全覆蓋高通量測定與進(jìn)化預(yù)測”的學(xué)術(shù)報告，我院80余位師生在現(xiàn)場參與交流研討,。報告會由李英副院長主持,。
陳小舒教授的報告分為兩個主要部分。第一部分重點分析了酵母層面隨機(jī)敲除基因,、通過不同品系的酵母對比和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的分析,，揭示了基因多效性大部分是不保守的。第二部分重點分析了在細(xì)胞表型層面來研究點突變造成的多效性和保守性的強(qiáng)弱關(guān)系,，并通過RM分成的兩個體系的研究,，揭示了基因多效性的數(shù)量較多，但其功能強(qiáng)度較舊SNP位點的大,。此外,，陳小舒教授還提醒我們在實驗中,，要注意敲除的基因可能跟研究的性狀有關(guān)系,，同時也會影響各種各樣的表型/表達(dá)譜的實用指導(dǎo)。
楊建榮教授的報告分為兩個主要的部分,。第一部分介紹抗生素的意義及后續(xù)的細(xì)菌耐藥的危害與現(xiàn)狀,，實驗方法詳細(xì)地從選定耐藥基因CTX-M-14的原因到構(gòu)建突變體文庫、利用工程菌構(gòu)建質(zhì)粒文庫進(jìn)行三代高通量測序（PacBio HiFi reads）和確定基因型與barcode的對應(yīng)關(guān)系，進(jìn)而到轉(zhuǎn)化至實驗菌進(jìn)行競爭性培養(yǎng),、通過計算適應(yīng)度,、再重點通過詳細(xì)的數(shù)據(jù)概覽與可靠性驗證來建立高通量方法測定耐藥基因全體點突變的適應(yīng)度并應(yīng)用于b/a CTX-M-14并發(fā)現(xiàn)CTX-M-14特定區(qū)域的突變能同時提高頭孢他啶，頭孢噻肟的多重耐藥性,。最后通過數(shù)據(jù)分析從突變的多效性和適應(yīng)度地形建立的耐藥基因的進(jìn)化預(yù)測的深度學(xué)習(xí)模型的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（CNN）+雙向長短期記憶(BLSTM)通過有效提取關(guān)鍵特征變量能以較高精度預(yù)測CTX-M-14的進(jìn)化,，輔助耐藥防控與進(jìn)化溯源。第二部分是探究耐藥進(jìn)化可逆轉(zhuǎn)的可行性,，通過耐藥基因MCR-1與多鹽菌素進(jìn)行培養(yǎng)組學(xué)與建立模型的方法分析,，與會議在場師生交流了最新的研究進(jìn)展。
陳小舒教授,、楊建榮教授的報告深入淺出,，引發(fā)了參會師生的熱烈反響。陳教授和楊教授展示的研究思路,、方法論以及其系統(tǒng)性的研究工作為我院師生提供了寶貴的學(xué)術(shù)啟示,。
主講嘉賓簡介：陳小舒，中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院教授,，博士生導(dǎo)師,。2006年和2011年分別獲得中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院本科和博士學(xué)位。2011年至2015年在美國密歇根大學(xué)張建之教授實驗室,，從事博士后研究工作,。2015年底獲聘中山大學(xué)“百人計劃引進(jìn)人才，并于2016年初入選國家高層次引進(jìn)人才青年項目,，2022年獲得優(yōu)秀青年科學(xué)基金項目資助,。目前以第一作者或通訊作者的身份發(fā)表具有高影響力的學(xué)術(shù)論文多篇，分別刊登在Science,、Nature Genetics,、Nat.Ecol.Evol.(2篇) 、Mol. Biol. Evol. (6篇) ,、Genome Biology,、PNASCelI Systems等國際知名雜志。研究興趣集中在運用高通量測序技術(shù)研究關(guān)鍵的生物學(xué)基礎(chǔ)問題,，重點圍繞基因表達(dá)這一重要的生物學(xué)過程,，從染色體位置、基因劑量和基因突變等方面系統(tǒng)研究基因表達(dá)對細(xì)胞表型的作用機(jī)制和演化規(guī)律,。
楊建榮,，中山大學(xué)教授，碩/博導(dǎo),。國家高層次引進(jìn)人才青年項目(2017年)和優(yōu)秀青年科學(xué)基金（2022年）獲得者,。主要研究方向為基因組學(xué),、系統(tǒng)與進(jìn)化生物學(xué)、生物信息學(xué),。迄今已發(fā)表SCI論文38篇,，包括近五年作為 (共同) 通訊作者在Nature Ecology and Evolution, Hepatology, Nature Communications，Molecular Biology and Evolution等國際一流雜志發(fā)表論文15篇,。
